S. mertensii được biết đến là một loài hải quỳ vật chủ được nhiều loài cá hề chọn để làm nơi cư trú. Những loài cá hề sống cộng sinh với S. mertensii được ghi nhận dưới đây, bao gồm:

Amphiprion leucokranos, một loài mà tình trạng phân loại chưa chắc chắn do có nguồn gốc lai tạp, cũng được nhìn thấy trong các bụi hải quỳ S. mertensii.[2]Amphiprion thiellei, nhiều khả năng là một giống lai như A. leucokranos, cũng được cho là sống cùng với loài hải quỳ này.[2] Cá thia của loài Dascyllus trimaculatus cũng chọn hải quỳ S. mertensii làm nơi cư trú.[3]

Cá hề thường không chia sẻ hải quỳ với những loài khác do chúng có tính lãnh thổ cao. Tuy vậy, ở vịnh Davao (Philippines), một bụi hải quỳ S. mertensii được nhìn thấy là nơi cư trú của một cặp A. clarkii và ba cá thể A. sandaracinos. Trong khoảng thời gian tác giả quan sát, A. clarkii tỏ ra hung dữ đối với tất cả các loài cá đến gần hải quỳ, nhưng lại không như vậy đối với A. sandaracinos. Mặc dù một bụi hải quỳ H. crispa gần đó không có loài nào sinh sống, những cá thể A. sandaracinos này vẫn thích sống cùng với cặp A. clarkii.[4]

Biến dị kiểu hình "đen" ở cá hề

S. mertensii có thể gây ra sự chuyển đổi màu sắc đối với 4 trong số 12 loài cá hề kể trên, đó là A. chrysogaster, A. chrysopterus, A. clarkii và A. tricinctus. Những loài cá này khi tiếp xúc với hải quỳ S. mertensii sẽ chuyển sang màu đen, trừ các dải sọc vẫn còn giữ lại màu trắng.[3][5] Cơ chế gây ra hiện tượng đổi màu này vẫn chưa rõ, cũng như giá trị mà nó đem lại cho cá hề và hải quỳ.

Một số loài hải quỳ khác cũng được biết đến là gây ra hiện tượng chuyển màu ở cá hề, như Stichodactyla gigantea làm các viền đen xung quanh các dải sọc trắng của Amphiprion percula trở nên dày và sẫm màu hơn, hay Heteractis crispa làm cho Amphiprion polymnus trở nên đen sẫm hơn.[3]

A. ocellaris cũng có một biến dị kiểu hình màu đen sọc trắng nhưng không rõ có liên quan đến một loài hải quỳ nào mà chúng sống cộng sinh hay không.[3]